Neben der Reinigung ist die Desinfektion immer ein sehr wichtiger Aspekt bei der Reinigung von Lebensmitteleinrichtungen, da die Lebensmittel sehr strengen mikrobiologischen Anforderungen genügen müssen.  Neben organischen und anorganischen Verunreinigungen und Ablagerungen müssen auch Viren, Bakterien, Sporen, Pilze und andere Krankheitserreger vernichtet werden. Aus diesem Grund verwenden wir in der Lebensmittelindustrie immer eine Kombination aus Reinigungs- und Desinfektionsmitteln, da sie sowohl reinigende als auch desinfizierende Bestandteile enthalten.  Der Vorteil ist, dass die Reinigung und Desinfektion in einem Schritt erfolgen kann, was Zeit, Energie und Geld spart.

In der Lebensmittelindustrie dürfen in den gereinigten Bereichen keine Rückstände zurückbleiben, daher müssen entweder abbaubare Mittel verwendet oder die Oberflächen nach der Reinigung mit Trinkwasser abgespült werden. Reinigungsarbeiten in Lebensmittelproduktionsbereichen sollten, unabhängig davon, ob sie von externen Auftragnehmern oder von eigenen Mitarbeitern durchgeführt werden, nur von gut geschulten Mitarbeitern durchgeführt werden.  Bei technologischen Veränderungen, wie z. B. der Verwendung einer neuen Chemikalie, sollten die Arbeitnehmer in den von der Veränderung betroffenen Bereichen geschult werden. Bei all unseren Arbeiten verwenden wir farbcodierte Reinigungsmittel, um die Bereiche zu unterscheiden und die verwendeten Werkzeuge farblich zu kennzeichnen, um zu verhindern, dass empfindliche Oberflächen durch in anderen Bereichen verwendete Werkzeuge verunreinigt werden. In der Lebensmittelindustrie spielen die Art der hergestellten Produkte, die Art der verwendeten Technologie und Ausrüstung sowie die Gestaltung der Räumlichkeiten eine wichtige Rolle bei der Auswahl der Reinigungslösungen.  In der Molkereiindustrie werden zum Beispiel andere Reinigungstechniken angewandt als in einem Fleischverarbeitungsbetrieb oder einer Bäckerei.  Der größte Unterschied zwischen den Branchen besteht in der Wahl der offenen oder geschlossenen Reinigungsmethode und darin, ob es sich um Trocken- oder Nassreinigung handelt.